Сирийская община в Вифлееме образовалась в конце 19 века, когда здесь поселились несколько сирийских православных семей.

Сирийская православная церковь Богородицы относительно молодая. Её колокольня имеет 4 электрических колокола, привезённых из Германии.

В апреле 2002 года палестинские боевики, преследуемые израильской армией, укрылись именно в этой церкви, а затем перебрались в соседний храм Рождества Христова.

Вход в церковь бесплатный.